Obligaciones fiscales de un médico autónomo en 2026: claves y consejos prácticos

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Lanzarse a la aventura de emprender siendo médico autónomo puede ser un reto apasionante. Pero, en ocasiones, hay que lidiar con trámites burocráticos y con la siempre presente fiscalidad. Si vas a dar tus primeros pasos como médico autónomo, quédate en el blog de Previsión Mallorquina porque te vamos a explicar todas las obligaciones fiscales que debe afrontar un médico autónomo.

Porque Previsión Mallorquina también está al lado de los médicos autónomos con sus seguros de baja laboral. Una herramienta diseñada para suplir la falta de ingresos durante tus períodos de enfermedad y baja laboral.

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Alta en Hacienda

El primer paso que debes dar es el alta en Hacienda. Un paso importante ya que a partir de ahí podrás regularizar tu situación ante el fisco y satisfacer todas tus obligaciones fiscales. El alta en Hacienda se realiza a través del Modelo 036 ya que el Modelo 037 se suprimió en enero de 2025.

Al cumplimentar este modelo, se te pedirán datos personales como:

  • Identidad
  • Domicilio
  • Lugar en que realizas tus actividades
  • El régimen de IVA (general, simplificado o recargo de equivalencia)
  • Resto de datos referentes a tu actividad económica

Alta en la Seguridad Social o en el MEL

Además del pago de tributos, los médicos autónomos también deben cotizar a las prestaciones sociales. Para ello, deben darse de alta en la Seguridad Social en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) o, alternativamente, en el Médico de Ejercicio Libre (MEL). En este artículo te explicamos exhaustivamente las diferencias entre uno y otro sistema.

En todo caso, deberás elegir entre uno u otro sistema y comunicarlo dentro de los primeros 30 días de haber iniciado tu actividad. En caso de que no lo expreses fehacientemente, serás inscrito en el RETA. Por otro lado, existe siempre la posibilidad de cambiar del MEL al RETA cuando lo consideres oportuno, aunque el cambio no se puede hacer a la inversa.

En general, las aportaciones al MEL son más económicas que las del RETA. Por ejemplo, si tienes 41 años y unos rendimientos netos mensuales de 2.700 euros en el RETA pagarías 427,20 euros de cuota, mientras que en el MEL abonarías 347 euros mensuales.

En cualquier caso, las aportaciones al MEL deberán ser de, al menos, un 80% de lo que tendrías que aportar al RETA si cotizases en este sistema. Recuerda que en el RETA ya no puedes elegir libremente tu base de cotización, esta vendrá dada por tus ingresos reales. Por otro lado, en el MEL, al ser un sistema de capitalización, podrás variar el volumen de tus aportaciones para aumentar tus prestaciones por jubilación.

Gastos deducibles en la declaración de la renta del médico autónomo

Al igual que en el resto de las profesiones, las obligaciones fiscales del médico autónomo vienen acompañadas de deducciones en la declaración de la renta. A continuación, te enumeramos algunas de las deducciones más importantes para que las tengas en cuenta cuando presentes tu Declaración de la Renta.

IRPF

Dentro de este apartado, existen distintos conceptos que te puedes deducir.

  • Gastos de colegiación: En el caso de las profesiones en las que es obligatorio colegiarse (como en tu caso) puedes desgravar las aportaciones hasta 500 € anuales.
  • Seguros profesionales: Los diferentes seguros que contrates también se pueden desgravar. Aquellos relacionados con la actividad profesional como los seguros de Responsabilidad Civil se pueden deducir al 100%, no importa su cuantía. En el caso de los seguros de baja laboral o de enfermedad, el límite se establece en 500 €. Si el contratante tiene alguna minusvalía, el límite sube a los 1.500 €.
  • Cotizaciones a la Seguridad Social: Las aportaciones a la Seguridad Social también se pueden deducir en su totalidad, así como las aportaciones al MEL.
  • Equipos médicos y aparatos: Tus compras de aparatos de rayos X, material quirúrgico como bisturíes, guantes o mascarillas son deducibles. Las grandes inversiones en maquinaria no se deducen en un único pago sino a través de tablas de amortización. El único requisito es que el material esté directamente afectado a la actividad.

IVA

Como la mayoría de los servicios sanitarios no están sujetos a IVA, los médicos autónomos no tienen que presentar la declaración trimestral de este impuesto. Por supuesto, tampoco se debe repercutir en la factura. Esta exención aparece reflejada en el artículo 20.2 de la Ley General del IVA.

Por otro lado, existen ciertas actividades sanitarias que no están exentas de IVA:

  • Cirugía estética: Cuando se trata de operaciones no reconstructivas
  • Impartir cursos y simposios: En estos casos también se debe declarar el IVA

Si en tu clínica prestas servicios sanitarios exentos y no exentos de IVA solo podrás desgravar el IVA soportado en el porcentaje que este afecte a tus servicios no exentos de IVA.

Si, por ejemplo, en tu clínica el 20% de tus servicios consisten en cirugías estéticas, solo podrás desgravarte la parte proporcional del IVA.

Cuáles son las obligaciones fiscales en caso de pluriactividad

Si estás trabajando como asalariado en la sanidad pública y, al mismo tiempo tienes tu consulta, estaremos ante una situación de pluriactividad. En estos casos, te puedes beneficiar de bonificaciones en tus cuotas a la Seguridad Social, especialmente durante el primer año:

  • En el caso de estar asalariado a jornada completa: Los primeros 18 meses la base de cotización sería del 50% de la base mínima. Los siguientes 18 meses el porcentaje subiría al 75% de la base mínima.
  • En el caso de estar asalariado a jornada parcial: Los primeros 18 meses la base de cotización se reduciría en un 75% y los siguientes 18 meses pasaría a ser del 85% de la base mínima.

Conclusión

Iniciar tu actividad como médico autónomo es un proceso lleno de trámites burocráticos y fiscales. Fundamentalmente, hay que tener en cuenta todos los impuestos que se deben pagar a Hacienda y también el IVA, aunque en el caso de los servicios sanitarios, gran parte de estos servicios están exentos. Los únicos servicios sujetos a este impuesto son aquellos relacionados con la cirugía estética.

Las deducciones pueden serte de gran ayuda para sostener tu negocio y el seguro de baja laboral de Previsión Mallorquina desgrava a la vez que mitiga la falta de ingresos durante tus períodos de enfermedad y convalecencia.