Cómo ejercer como médico autónomo: guía práctica y completa para que empieces con buen pie

Después de años de estudio y especialización, muchos médicos deciden dar un giro a su carrera: abandonar el contrato fijo o compaginarlo con el ejercicio por cuenta propia. La autonomía profesional, la flexibilidad de horarios y la posibilidad de gestionar directamente tu cartera de pacientes son algunos de los motivos principales por los que se hace, pero, a la vez, pueden surgir muchas dudas: ¿Qué pasos debo dar? ¿Qué trámites fiscales tengo que cumplir? ¿Cómo protejo mi ejercicio profesional?

En este artículo, vamos a guiarte paso a paso en el proceso de comenzar como médico autónomo en España, desde el alta inicial hasta los seguros más convenientes, incluyendo obligaciones legales, fiscales y sanitarias. Todo ello con un enfoque claro, actualizado y con el conocimiento de Previsión Mallorquina, especialistas en seguros para profesionales de la salud. Porque para sentirte realmente autónomo, necesitas libertad, sí, pero también seguridad.

¿Dónde me tengo que dar de alta para ejercer como médico autónomo en España?

Si quieres ejercer como médico por cuenta propia, no basta con tener la titulación y estar colegiado. El ejercicio autónomo requiere cumplir varios trámites legales que te permitan facturar de forma legal, cotizar y proteger tu responsabilidad profesional. Estos son los pasos esenciales que debes dar, explicados con detalle:

Alta en Hacienda

Es el primer trámite obligatorio si quieres ejercer como médico autónomo. El alta en la Agencia Tributaria formaliza que vas a iniciar una actividad económica como profesional independiente.

¿Cómo se hace el alta en Hacienda?

Este trámite se realiza presentando el modelo 036 o su versión simplificada, el modelo 037. Se trata de un documento esencial en el que informas a la Agencia Tributaria de aspectos clave como el inicio de la actividad, el domicilio fiscal, el tipo de actividad médica que vas a ejercer y cómo vas a tributar.

Por ejemplo, si eres un médico de familia sin consulta propia y vas a colaborar como autónomo en dos clínicas privadas, puedes presentar fácilmente el modelo 037 simplificado, pero, si eres un perfil que combina consultas presenciales en varias ubicaciones y online, apuesta por el modelo completo 036 para tu alta.

¿Qué debes indicar?

En cuanto al epígrafe del Impuesto de Actividades Económicas (IAE), la mayoría de médicos se inscriben en el 841.1 (médicos en general), aunque existen otros específicos para especialidades. Además, tendrás que indicar si tus servicios están exentos de IVA (lo habitual en actos médicos con finalidad terapéutica) y elegir tu sistema de tributación para el IRPF: en la mayoría de los casos, se opta por el régimen de estimación directa simplificada, especialmente si tus ingresos anuales no superan los 600.000 €.

¿Dónde darse de alta?

Esta alta se puede hacer presencialmente en una delegación de Hacienda o de forma online a través de la sede electrónica de la AEAT, usando certificado digital o sistema Cl@ve. Si no sabes cuál de los dos formularios usar, recuerda que el modelo 037 solo está disponible para personas físicas sin operaciones intracomunitarias ni requisitos fiscales especiales. En cambio, el modelo 036, es más completo y obligatorio si tu caso presenta alguna complejidad.

Alta en la Seguridad Social: ¿elegir RETA o mutualidad alternativa?

Es el segundo paso esencial y determina tu protección social. Como médico autónomo puedes elegir entre inscribirte en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) o en una mutualidad profesional si tu colegio lo permite. En esto consiste cada una:

¿Qué es el RETA?

El RETA es el régimen general de cotización para autónomos. Funciona con un sistema de tramos según ingresos reales con cuotas mensuales que oscilan entre 230 € y 500 €. A través del RETA, tienes derecho a baja médica, prestación por maternidad/paternidad, jubilación, incapacidad o cese de actividad.

¿Qué es una mutualidad alternativa?

Los médicos que ejercen en régimen liberal pueden optar por mutualidades como la ofrecida por la Organización Médica Colegial de España. Estas entidades ofrecen coberturas similares, pero no cotizas a la Seguridad Social, por lo que no tendrás derecho a pensión pública. Además, la elección de una mutualidad es irreversible.

RETA o mutualidad:¿Cuál de las dos opciones elijo si voy a ser médico autónomo?

Elegir entre el RETA y una mutualidad alternativa es una de las decisiones más importantes al iniciar tu actividad como médico autónomo. El RETA (Régimen Especial de Trabajadores Autónomos) es la vía habitual, regulada por la Seguridad Social, y garantiza el acceso a pensiones públicas, prestación por incapacidad temporal o permanente, baja por maternidad o paternidad, y subsidio por cese de actividad. Cotizas en función de tus ingresos reales y estás protegido por el sistema público.

Por otro lado, existen las mutualidades, reconocidas por la Ley General de la Seguridad Social (artículo 305). Estas, ofrecen productos de previsión social y seguros de baja, jubilación o incapacidad. No obstante, no cotizas a la Seguridad Social, lo que implica que no generarás derecho a pensión pública ni a otras prestaciones estatales.

Además, es importante tener en cuenta que eliges la Mutua Médica puedes cambiarte a la Seguridad Social y mantener el capital aportado que servirá como complemento a tu pensión pública llegado el momento.

En cambio, si te afilias al RETA, la decisión será irreversible y deberás seguir afiliado de por vida al sistema público. Aunque siempre podrás conservar tu Mutua Médica como un fondo complementario.

También es importante revisar qué coberturas incluye tu mutualidad: en muchos casos, necesitarás complementar la protección con seguros privados, y aquí es donde entramos nosotros y nuestros seguros especializados para autónomos, que te ayudarán a cubrir aspectos como las bajas laborales, hospitalizaciones, enfermedades graves e incluso guardias médicas, entre otros.

Alta en la Consejería de Salud autonómica

Si vas a ejercer desde una consulta propia, además de darte de alta como autónomo, deberás tramitar tu inscripción en el registro de profesionales sanitarios de la Consejería de Sanidad de tu comunidad autónoma. Este paso es obligatorio para acreditar tu habilitación como profesional independiente en el ámbito sanitario y garantizar que cumples con los estándares establecidos por la normativa autonómica y estatal.

¿Qué documentación piden?

Aunque puede variar ligeramente según la comunidad autónoma, por lo general deberás presentar:

• Titulación universitaria oficial en Medicina.
• Acreditación de colegiación en el Colegio Oficial de Médicos.
• Seguro de responsabilidad civil profesional con cobertura suficiente.
• Declaración responsable o memoria de actividad, especificando el tipo de servicios que vas a ofrecer y el modo de organización del trabajo.
• Justificante del alta en el RETA o en una mutualidad alternativa.
• Si abres una consulta propia, también deberás presentar la documentación del centro sanitario para su inscripción en el Registro de Centros, Servicios

Es fundamental que verifiques los requisitos exactos en la web oficial de la Consejería de Salud correspondiente o lo consultes directamente con tu Colegio de Médicos. En muchas comunidades autónomas, el proceso de inscripción se gestiona digitalmente a través de plataformas propias de la administración sanitaria regional, como sucede por ejemplo con la Comunidad de Madrid a través de su sede electrónica o con Cataluña mediante el Canal Salut.

Colegiación obligatoria

Para ejercer como médico necesitas estar colegiado, incluso si solo trabajas por cuenta propia.

¿Dónde colegiarte?

En el Colegio Oficial de Médicos de la provincia donde desarrollas tu actividad. Si ya estás colegiado por otro trabajo, como la sanidad pública, puede bastar con comunicar tu nueva actividad.

Licencia de apertura

En caso de que hayas decidido montar una consulta propia, se exige una licencia de actividad y apertura que se gestiona a nivel municipal, en el ayuntamiento correspondiente.

¿Qué necesitas para conseguirla?

• Proyecto técnico del local firmado por arquitecto.
• Acreditación de accesibilidad, ventilación y normativa sanitaria.
• Alta en el registro de centros sanitarios de tu comunidad.
• Seguro de responsabilidad civil.

Seguro de responsabilidad civil profesional

El seguro de responsabilidad civil profesional es el más importante para cualquier médico autónomo. No solo es obligatorio en muchas comunidades autónomas para inscribirte en el registro de centros sanitarios, sino que es tu principal escudo frente a reclamaciones por daños, errores médicos o negligencias durante tu actividad asistencial.

¿Qué cubre este seguro?

• Daños físicos o psicológicos ocasionados a pacientes por errores, omisiones o actuaciones médicas.
• Indemnizaciones económicas derivadas de sentencias o acuerdos extrajudiciales.
• Gastos legales y de defensa jurídica, incluidos honorarios de abogados, procuradores y peritos.
• Reclamaciones por actos médicos tanto presenciales como en modalidad online, cuando estén incluidos en la póliza.

¿Es obligatorio en toda España?

Aunque no existe una ley nacional única que lo exija, la mayoría de Consejerías de Sanidad lo exigen como condición para registrar una consulta o clínica médica privada. Además, los colegios de médicos también lo exigen para la colegiación efectiva, lo que lo convierte, en la práctica, en obligatorio para ejercer.

Por ejemplo, la Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias establece en su artículo 4.7 que los profesionales sanitarios deben actuar con la diligencia y responsabilidad debidas, lo que justifica la exigencia de contar con un seguro adecuado para responder ante posibles perjuicios.

¿Cuánto cuesta?

El precio varía en función de:

• Tu especialidad médica (mayor riesgo = mayor prima).
• El tipo de actividad (quirúrgica, consulta, peritajes, etc.).
• El volumen estimado de pacientes o facturación anual.

Para especialidades de bajo riesgo, como medicina de familia o psiquiatría, los precios suelen rondar los 300 €–600 € anuales. En especialidades con mayor exposición legal, como ginecología o cirugía plástica, puede superar los 1.200 € al año.

¿Qué debes tener en cuenta al contratarlo?

• Que cubra actos médicos realizados en todos los centros donde trabajes, no solo en tu consulta.
• Que contemple posibles reclamaciones posteriores, incluso tras el cese de actividad (cláusula de “retroactividad” o “claims made”).
• Que especifique claramente si cubre intervenciones online o telemedicina.

¿Cuáles son las obligaciones fiscales de un médico autónomo?

Aunque al principio puedan parecer muchas, con organización y buenos hábitos contables, es perfectamente gestionable. Te explicamos los principales impuestos, declaraciones y registros que debes tener en cuenta, tanto dentro del IRPF como del IVA:

IRPF: impuesto sobre la renta de las personas físicas

El IRPF se paga por tramos y se liquida en dos momentos: trimestral y anualmente.

¿Qué modelos debo presentar?

• Modelo 130: declaración trimestral del IRPF mediante el sistema de estimación directa simplificada. Solo estás exento si más del 70 % de tus ingresos llevan retención.
• Modelo 100: declaración anual del IRPF, que resume lo ya declarado trimestralmente, pero puede dar lugar a devolución o ingreso adicional.

¿Qué puedes deducir como médico autónomo?

Gastos afectos a tu actividad: desde el alquiler del local, suministros, cuotas colegiales, equipos médicos, hasta seguros y formación. Deben estar justificados, ser necesarios para el desarrollo de la actividad y estar correctamente registrados.

IVA: ¿debo aplicarlo en mis facturas?

La mayoría de los servicios médicos están exentos de IVA, siempre que tengan una finalidad sanitaria o terapéutica (artículo 20.1.3º de la Ley 37/1992 del IVA). Pero hay excepciones, como los informes médicos periciales para aseguradoras o tribunales, los cursos o talleres formativos no homologados o los servicios de medicina estética sin finalidad terapéutica.

En esos casos, deberás presentar:

• Modelo 303 trimestral.
• Modelo 390 anual (resumen del IVA declarado).

Declaraciones adicionales

Dependiendo de tu actividad, es posible que tengas que presentar también:

• Modelo 111: retenciones practicadas a otros profesionales (por ejemplo, si contratas a un nutricionista autónomo).
• Modelo 115: retención por alquiler de local si no estás en un coworking sanitario.
• Modelo 347: declaración anual de operaciones con terceros que superen los 3.005,06 €.

Facturación y contabilidad básica para un médico autónomo

Como médico autónomo, deberás emitir una factura por cada servicio profesional prestado, independientemente de que cobres directamente al paciente o a través de una clínica colaboradora.

¿Qué debe incluir una factura médica?

• Tus datos fiscales (nombre completo, NIF y dirección).
• Datos del destinatario del servicio.
• Fecha de emisión.
• Descripción del servicio prestado.
• Base imponible, retención de IRPF si procede, y si corresponde, el IVA.

¿Qué libros contables debo llevar?

• Libro de facturas emitidas.
• Libro de gastos deducibles.
• Justificantes de pagos, seguros, alquileres, reparaciones, etc.

Recuerda que todos los documentos deben conservarse al menos 4 años (art. 66 Ley General Tributaria).

Protección de datos en la práctica médica

Uno de los errores más frecuentes de los médicos autónomos es no cumplir correctamente con la normativa de protección de datos. El Reglamento General de Protección de Datos (RGPD) y la Ley Orgánica 3/2018 (LOPDGDD) son de obligado cumplimiento.

Los historiales clínicos y demás datos de salud son considerados categoría especial según el artículo 9 del RGPD, y su mal tratamiento puede conllevar multas de hasta 20 millones de euros.

Para cumplir, es importante que cumplas:

• Registrar el tratamiento de datos (registro de actividades).
• Informar a los pacientes mediante cláusulas y consentimientos.
• Implantar medidas de seguridad técnicas y organizativas.
• Designar un delegado de protección de datos si gestionas gran volumen de datos o consultas de gran tamaño.

Si quieres profundizar más, te recomendamos leer nuestro artículo sobre la Ley de protección de datos y sanciones para autónomos.

Preguntas frecuentes sobre ejercer como médico autónomo

¿Qué régimen de previsión social me conviene como médico autónomo: RETA o mutualidad?

Depende de tus ingresos y necesidades. El RETA da derecho a pensión pública y prestaciones contributivas, pero tiene costes más altos si apenas estás comenzando. Las mutualidades ofrecen mayor flexibilidad, pero no siempre garantizan coberturas equivalentes a la Seguridad Social. La elección es irreversible, por lo que conviene hacer un análisis detallado y solicitar asesoramiento al colegio profesional.

¿Qué ocurre si combino trabajo en la pública y actividad autónoma como médico?

Puedes estar en situación de pluriactividad. Eso implica cotizar en ambos regímenes, aunque puedes tener derecho a devoluciones parciales. Consulta también tu régimen de incompatibilidades, ya que en algunos casos (sobre todo si tienes plaza en propiedad) hay restricciones para ejercer fuera del sistema público.

¿Cómo facturo si colaboro con varias clínicas?

Emitirás una factura a cada clínica o centro con el que trabajes. Si son entidades que retienen IRPF, debes reflejarlo en la factura. Todas las facturas deben registrarse y declararse en los modelos correspondientes. No importa cuántos clientes tengas: el sistema fiscal es el mismo.

¿Puedo tener una sociedad médica y facturar también como autónomo?

Sí, pero debes llevar una gestión completamente separada. La sociedad tributa por el Impuesto sobre Sociedades y tú, como autónomo, por IRPF. Además, necesitarás contabilidad independiente, declaraciones fiscales distintas y contratos bien definidos si trabajas para tu propia empresa.

¿Estoy obligado a contratar algún seguro para ejercer?

Sí. En muchas comunidades, el seguro de responsabilidad civil profesional es obligatorio. Además, es muy recomendable disponer de un seguro de baja laboral, especialmente si tus ingresos dependen al 100 % de tu actividad como médico autónomo. Con el seguro de prestación de baja laboral de Previsión Mallorquina, tu bienestar también está cubierto.